Baert is geboren op 14 oktober 1983 te Lokeren. In 2006 studeerde hij af als Burgerlijk Ingenieur, in 2008 als Master in de economische wetenschappen en in 2013 als Doctor in de economische wetenschappen aan de Universiteit Gent. Sinds oktober 2015 is hij werkzaam als voltijds professor in de empirische arbeidseconomie aan de UGent.
Hij is hoofdpromotor van UGent @ Work, het interdisciplinaire consortium van 24 UGent-professoren die onderzoek naar werk en arbeidsmarkt leiden. Daarnaast is hij geaffilieerd met de Universiteit Antwerpen als deeltijds professor en aan de Université catholique de Louvain, Global Labor Office (GLO), IMISCOE en Institute for the Study of Labor (IZA) als research fellow. Het onderzoek van Stijn Baert is hoofdzakelijk gesitueerd in het brede veld van de arbeidseconomie, met een focus op (i) de overgang van school naar werk, (ii) arbeidsmarktdiscriminatie en (iii) werk en gezondheid. Hij publiceerde in gereputeerde vakbladen zoals European Economic Review, Labour Economics en Journal of Applied Econometrics. Voor zijn (doctoraal) onderzoek ontving hij vele erkenningen.
In 2015 en 2016 was Stijn Baert opgenomen in de gezaghebbende wereldwijde top 100 van jonge economisten van IDEAS (in 2016 op plaats 17). In 2017 was hij genomineerd voor de verkiezing van meest getalenteerde onderzoeker in Vlaanderen en België, georganiseerd door het Nederlandse blad 'New Scientist'. In januari 2021 zette IDEAS hem op plaats 9 wereldwijd binnen zijn leeftijdscategorie in hun rangschikking van economisten naar wetenschappelijke impact. Stijns onderzoek en duiding werd meer dan 1750 keer vermeld in de nationale en internationale media. Zijn voorstellen omtrent de versnelde degressiviteit voor de werkloosheidsuitkering en sectorale praktijktesten naar arbeidsmarktdiscriminatie hadden duidelijke beleidsimpact.
Voor zijn inspanningen inzake wetenschapscommunicatie ontving Stijn Baert in 2015 een 'Jaarprijs Wetenschapscommunicatie' van de Koninklijke Vlaamse Academie van België voor Wetenschappen en Kunsten. In 2020 stond hij op de tweede plaats in een rangschikking van Vlaamse 'thought leaders'. Baert is een van de zes onafhankelijke experts die als relancecomité de Vlaamse Regering moeten bijstaan bij de relance van de economie naar aanleiding van de coronacrisis.
